La Chambre interdépartementale d'agriculture Doubs-Territoire de Belfort est constituée de 49 membres élus, il s'agit d'une assemblée élue tous les six ans au suffrage universel. Elle représente légitimement toutes les composantes du monde agricole et est caractérisée par un statut public et réglementaire qui lui est reconnu par la loi.
L’Assemblée, qui équivaut ailleurs à un Conseil d'Administration, est constituée par les membres de la Chambre d'agriculture. Ils sont élus par les chefs d'exploitation, leur conjoint et les aides familiaux, les salariés d'exploitation, les salariés des groupements professionnels agricoles, les propriétaires et usufruitiers, les anciens exploitants et les organisations agricoles de droit privé (coopératives de production, autres coopératives, crédit, mutualité, syndicats d'exploitants à vocation générale). Elle compte dix collèges électoraux et ouvre ses débats en associant d’autres partenaires à ses travaux.
L’Assemblée élit le Président qui devient le représentant et l'exécutif de la Chambre d'agriculture. Il est l'ordonnateur des dépenses gérées par un comptable public. Les membres de la Chambre d'agriculture se réunissent quatre fois par an en session plénière. L'Assemblée délibère en émettant des avis et des vœux, décide des actions à entreprendre et vote le budget.
L'Assemblée élit également le Bureau qui se réunit une dizaine de fois par an. Il délibère et donne l'avis de la Chambre d'agriculture en dehors des sessions et en cas d'urgence. Il prépare aussi les orientations et la politique conduite par la Chambre d’agriculture.